El Yunque è l'unica foresta pluviale tropicale nel sistema forestale nazionale degli Stati Uniti e riceve 6.000 mm di pioggia annuale in tutta la sua estensione di 11.330 ettari. Designata come riserva forestale nel 1876 dalla Corona spagnola, precede persino Yellowstone come area protetta.
Il popolo Taíno la chiamava Yuké, credendo che la montagna ospitasse la loro divinità suprema Yukiyú, e i petroglifi scolpiti nei massi lungo il fiume segnano ancora oggi i siti cerimoniali lungo il fiume Mameyes.
L'altitudine della foresta sale dal livello del mare ai 1.077 metri del picco El Toro, creando quattro zone vitali distinte. Gli alberi Tabonuco dominano la volta inferiore, le loro radici a contrafforte che afferrano il suolo vulcanico. I pendii più alti ospitano foreste di palo colorado, la cui corteccia color ruggine si stacca in strisce cartacee. Sopra i 760 metri, si impadronisce la foresta nebulosa: vegetazione nana avvolta da una nebbia quasi costante, dove la palma Sierra e le felci arboree formano fitti boschetti. Questi strati proteggono il pappagallo portoricano, uno degli uccelli più rari al mondo, la cui popolazione era scesa a tredici individui nel 1975 prima che iniziassero gli sforzi di conservazione.
La strada PR-191 penetra nel fianco settentrionale della foresta, passando davanti alle cascate La Coca, una cascata di 26 metri visibile dal manto stradale, prima di salire al ponte di osservazione della torre Yokahú. La struttura del 1963 offre linee di visuale attraverso le montagne di Luquillo verso l'Atlantico. Sotto, il sentiero Rio de la Mina scende attraverso una cattedrale di palme Sierra verso le cascate La Mina, dove una piscina naturale scavata nel substrato roccioso raccoglie acqua di sorgente a una temperatura costante di 18 gradi. Altalene di corda e scivoli d'acqua formati da millenni di erosione attirano i visitatori verso piscine lungo affluenti meno noti, accessibili solo con guide in possesso di permessi forestali.
La vicinanza di El Yunque a San Juan, a 56 km a est, la rende la foresta pluviale più visitata dei Caraibi, con oltre 600.000 visitatori annuali prima dell'istituzione dei controlli sulla capacità nel 2021. La foresta ora opera con un sistema di prenotazione durante i periodi di punta, con parcheggio assegnato agli operatori di tour guidati in possesso di permessi commerciali. Un tour della foresta pluviale di San Juan dal porto crocieristico solitamente parte entro novanta minuti dallo sbarco dalla nave, riportando i passeggeri quattro o cinque ore dopo, con tempi sincronizzati agli orari portuali che lasciano un margine minimo per i ritardi.
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