El Yunque est la seule forêt tropicale du système des forêts nationales des États-Unis, recevant 6 mètres de précipitations annuelles sur son étendue de 11 300 hectares. Désignée réserve forestière en 1876 par la Couronne espagnole, elle est antérieure même à Yellowstone en tant que nature sauvage protégée.
Le peuple Taïno l'appelait Yuké, croyant que la montagne abritait leur divinité suprême Yukiyú, et des pétroglyphes sculptés dans les rochers au bord de la rivière marquent encore des sites de baignade cérémoniels le long de la rivière Mameyes.
L'altitude de la forêt s'élève du niveau de la mer jusqu'à 1 077 mètres au pic El Toro, créant quatre zones de vie distinctes. Les arbres Tabonuco dominent la canopée inférieure, leurs racines contreforts agrippant le sol volcanique. Les pentes supérieures abritent des forêts de palo colorado, leur écorce couleur rouille se détachant en bandes papyracées. Au-dessus de 760 mètres, la forêt de nuages prend le relais—une végétation naine enveloppée dans une brume presque constante, où les palmiers Sierra et les fougères arborescentes forment des fourrés denses. Ces couches abritent la perruche de Porto Rico, l'un des oiseaux les plus rares au monde, dont la population était tombée à treize individus en 1975 avant que les efforts de conservation ne commencent à permettre sa récupération.
La route PR-191 pénètre le flanc nord de la forêt, passant devant les chutes La Coca—une cascade de 26 mètres visible depuis la route—avant de grimper jusqu'à la tour d'observation Yokahú. La structure de 1963 offre des vues sur les montagnes Luquillo jusqu'à l'Atlantique. En contrebas, le sentier Rio de la Mina descend à travers une cathédrale de palmiers sierra jusqu'aux chutes La Mina, où une piscine naturelle creusée dans le substrat rocheux recueille l'eau de source à une température constante de 18 degrés. Les balançoires à corde et les toboggans aquatiques formés par des millénaires d'érosion attirent les visiteurs vers des bassins le long d'affluents moins connus, accessibles uniquement avec des guides détenant des permis forestiers.
La proximité d'El Yunque avec San Juan—à 56 km à l'est—en fait la forêt tropicale la plus visitée des Caraïbes, accueillant plus de 600 000 visiteurs par an avant l'instauration de contrôles de capacité en 2021. La forêt fonctionne désormais avec un système de réservation pendant les périodes de pointe, le stationnement étant alloué aux opérateurs de visites guidées détenant des permis commerciaux. Une excursion dans la forêt tropicale depuis le port de croisière à San Juan part généralement dans les quatre-vingt-dix minutes suivant l'autorisation du navire, ramenant les passagers quatre à cinq heures plus tard, en fonction des horaires des ports qui permettent une marge minimale pour les retards.
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