El Yunque ha il primato di essere l'unica foresta pluviale tropicale nel National Forest System degli Stati Uniti; i suoi 28.000 acri si innalzano dalla pianura costiera fino alle cime avvolte dalle nuvole a 3.533 piedi.
Istituita come Luquillo Forest Reserve nel 1876 con decreto coloniale spagnolo — precedendo di decenni il Servizio Forestale degli Stati Uniti stesso — la foresta fu in seguito rinominata in onore della divinità Taíno Yuquiyú, che si crede abiti la vetta della montagna e protegga l'isola. Quattro tipi distinti di foresta stratificano i pendii: foresta di tabonuco sotto i 2.000 piedi, dove radici a contrafforte ancorano alberi alti cento piedi; foresta di palo colorado nelle elevazioni medie, densa di palme Sierra, e boschi fatati vicino alle cime, dove vento e nebbia scolpiscono la vegetazione in miniature nodose. Le precipitazioni annuali superano i 240 pollici nelle zone più alte, alimentando i fiumi Espíritu Santo, Mameyes e Sabana che scendono attraverso massi coperti di muschio e scivoli di roccia naturale levigati dal flusso dell'acqua nei secoli.
Un tour privato della foresta pluviale da San Juan fornisce accesso a reti di sentieri e pozze balneabili che i visitatori indipendenti spesso perdono, guidati da naturalisti che conoscono le 240 specie di alberi della foresta, le 50 specie di uccelli nativi e le 13 varietà endemiche di rane coquí i cui cori notturni raggiungono i 100 decibel. La foresta ha subito danni significativi durante l'uragano Maria nel 2017 — sono stati persi circa 23-31 milioni di alberi e molti sistemi di sentieri hanno richiesto una ricostruzione pluriennale. Il recupero è stato deliberato; l'El Portal Visitor Center, inaugurato originariamente nel 1996, funge ora da principale punto di orientamento, sebbene diversi sentieri nell'entroterra rimangano chiusi per lavori di ripristino a partire dal 2026. Le escursioni private navigano nella rete di sentieri accessibili incorporando scivoli d'acqua naturali a Charco Azul e piscine con altalene di corda che sono diventate firme del mercato avventuristico di El Yunque.
Il significato ecologico della foresta si estende oltre la ricreazione. El Yunque funge da habitat critico per il pappagallo portoricano, uno degli uccelli più rari al mondo, con un programma di riproduzione in cattività che ha lentamente aumentato le popolazioni selvatiche dal minimo storico di 13 individui nel 1975 a circa 600 oggi. La foresta pluviale ancora anche l'approvvigionamento idrico per gran parte di Porto Rico nord-orientale, con bacini idrografici che alimentano serbatoi a servizio di San Juan e dei comuni circostanti. Geologicamente, le montagne di Luquillo sono composte da roccia vulcanica del tardo periodo Cretaceo, sovrapposta da formazioni sedimentarie e meteorizzata nella topografia carsica visibile in grotte come Arenales, dove passaggi calcarei scavati da torrenti sotterranei forniscono habitat per pipistrelli e gamberi di grotta ciechi. I tour privati della foresta pluviale da San Juan partono solitamente presto per assicurarsi il parcheggio ai sentieri lungo la Route 191 e la Route 988, dove i vincoli di capacità e l'arrivo dei bus turistici a metà giornata possono sovraccaricare i punti di accesso entro tarda mattinata.
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