El Yunque a la particularité d'être la seule forêt tropicale humide du système des forêts nationales des États-Unis, ses 28 000 acres s'élevant de la plaine côtière jusqu'aux sommets enveloppés de nuages à 1 077 mètres d'altitude.
Établie en tant que réserve forestière de Luquillo en 1876 par décret colonial espagnol — précédant de plusieurs décennies le service forestier américain lui-même — la forêt a été rebaptisée plus tard en l'honneur de la divinité taïno Yuquiyú, censée habiter le sommet de la montagne et protéger l'île. Quatre types de forêts distincts recouvrent les pentes : la forêt de tabonuco en dessous de 600 mètres, où des racines contrefortes ancrent des arbres de trente mètres ; la forêt de palo colorado à des altitudes moyennes, dense en palmiers Sierra ; et la forêt naine près des sommets, où le vent et la brume sculptent la végétation en miniatures noueuses. Les précipitations annuelles dépassent 6 000 mm dans les zones les plus élevées, alimentant les rivières Espíritu Santo, Mameyes et Sabana qui descendent à travers des rochers recouverts de mousse et des toboggans rocheux naturels polis par des siècles d'écoulement d'eau.
Une visite privée de la forêt tropicale au départ de San Juan donne accès à des réseaux de sentiers et à des piscines naturelles que les visiteurs indépendants manquent souvent, guidés par des naturalistes familiers avec les 240 espèces d'arbres de la forêt, les 50 espèces d'oiseaux indigènes et les 13 variétés de grenouilles coquí endémiques dont les chœurs nocturnes atteignent 100 décibels. La forêt a subi des dommages importants lors de l'ouragan Maria en 2017 — environ 23 à 31 millions d'arbres ont été perdus et de nombreux réseaux de sentiers ont nécessité une reconstruction sur plusieurs années. La récupération a été progressive ; le centre des visiteurs El Portal, ouvert à l'origine en 1996, sert désormais de point d'orientation principal, bien que plusieurs sentiers d'arrière-pays restent fermés pour travaux de restauration en 2026. Les excursions privées naviguent sur le réseau de sentiers accessibles tout en intégrant des toboggans naturels à Charco Azul et des piscines à balançoire à corde qui sont devenues des signatures du marché de l'aventure d'El Yunque.
L'importance écologique de la forêt s'étend au-delà des loisirs. El Yunque sert d'habitat essentiel au perroquet portoricain, l'un des oiseaux les plus rares au monde, grâce à un programme d'élevage en captivité qui a lentement fait passer les populations sauvages d'un minimum historique de 13 individus en 1975 à environ 600 aujourd'hui. La forêt tropicale ancre également l'approvisionnement en eau pour une grande partie du nord-est de Porto Rico, avec des bassins versants alimentant des réservoirs qui servent San Juan et les municipalités environnantes. Géologiquement, les montagnes de Luquillo sont composées de roches volcaniques de la fin du Crétacé, recouvertes de formations sédimentaires et altérées en une topographie karstique visible dans des grottes comme Arenales, où des passages calcaires creusés par des cours d'eau souterrains servent d'habitat aux chauves-souris et aux crevettes cavernicoles aveugles. Les visites privées de la forêt tropicale au départ de San Juan partent généralement tôt pour garantir le stationnement aux départs des sentiers le long de la route 191 et de la route 988, où les contraintes de capacité et l'arrivée des bus touristiques à la mi-journée peuvent submerger les points d'accès dès la fin de la matinée.
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