El Yunque zeichnet sich als der einzige tropische Regenwald im National Forest System der Vereinigten Staaten aus; seine 28.000 Hektar erstrecken sich von der Küstenebene bis zu den wolkenverhangenen Gipfeln auf 3.533 Fuß Höhe.
Das 1876 per spanischem Kolonialdekret als Luquillo Forest Reserve gegründete Gebiet – das dem U.S. Forest Service um Jahrzehnte vorausging – wurde später nach der Taíno-Gottheit Yuquiyú benannt, von der man glaubte, dass sie den Berggipfel bewohnt und die Insel schützt. Vier unterschiedliche Waldtypen gliedern die Hänge: der Tabonuco-Wald unterhalb von 2.000 Fuß, wo Brettwurzeln hundert Fuß hohe Bäume verankern; der Palo-Colorado-Wald in den mittleren Lagen, dicht mit Sierra-Palmen bewachsen; und der Elfenwald in der Nähe der Gipfel, wo Wind und Wolkennebel die Vegetation zu knorrigen Miniaturen formen. Der jährliche Niederschlag übersteigt in den höchsten Zonen 240 Zoll und speist die Flüsse Espíritu Santo, Mameyes und Sabana, die über moosbedeckte Felsbrocken und natürliche, vom jahrhundertelangen Wasserfluss polierte Felsrutschen in die Tiefe fließen.
Eine private Regenwaldtour ab San Juan bietet Zugang zu Wanderwegen und Schwimmstellen, die unabhängige Besucher oft verpassen. Sie werden von Naturkundlern geführt, die mit den 240 Baumarten, 50 einheimischen Vogelarten und den 13 endemischen Coquí-Froscharten vertraut sind, deren nächtliche Chöre bis zu 100 Dezibel erreichen. Der Wald erlitt während des Hurrikans Maria im Jahr 2017 schwere Schäden – etwa 23 bis 31 Millionen Bäume gingen verloren und viele Wegesysteme erforderten einen mehrjährigen Wiederaufbau. Die Erholung erfolgt bewusst; das El Portal Visitor Center, das ursprünglich 1996 eröffnet wurde, dient heute als primärer Orientierungspunkt, obwohl mehrere Wanderwege im Hinterland auch im Jahr 2026 noch wegen Restaurierungsarbeiten geschlossen sind. Private Ausflüge navigieren durch das Netz zugänglicher Wege und beinhalten natürliche Wasserrutschen am Charco Azul und Schaukeln an Wasserbecken, die zu Markenzeichen des Abenteuermarktes von El Yunque geworden sind.
Die ökologische Bedeutung des Waldes geht über die Erholung hinaus. El Yunque dient als kritischer Lebensraum für den Puerto-Rico-Amazone, einen der seltensten Vögel der Welt, dessen Zuchtprogramm in Gefangenschaft die Wildpopulation von einem historischen Tiefstand von 13 Individuen im Jahr 1975 auf heute etwa 600 Tiere gesteigert hat. Der Regenwald sichert zudem die Wasserversorgung für einen Großteil des nordöstlichen Puerto Rico; seine Wassereinzugsgebiete speisen Stauseen, die San Juan und die umliegenden Gemeinden versorgen. Geologisch bestehen die Luquillo Mountains aus Vulkangestein aus der späten Kreidezeit, überlagert von Sedimentformationen, die zu der Karsttopografie verwittert sind, die in Höhlen wie den Arenales sichtbar ist, wo von unterirdischen Bächen geformte Kalksteinpassagen Lebensraum für Fledermäuse und blinde Höhlengarnelen bieten. Private Regenwaldtouren von San Juan starten in der Regel früh, um Parkplätze an den Wanderwegen entlang der Route 191 und Route 988 zu sichern, wo Kapazitätsengpässe und die Ankunft von Reisebussen am Mittag die Zugangspunkte bis zum späten Vormittag überlasten können.
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